Il termine San Juan è un toponimo spagnolo che letteralmente significa "San Giovanni"

 Argentina

• San Juan (Argentina), capoluogo dell'omonima provincia
• San Juan (provincia Argentina), provincia

 Colombia

• San Juan, fiume nel dipartimento di Chocó
• San Juan de Arama, comune nel dipartimento di Meta
• San Juan de Betulia, comune nel dipartimento di Sucre
• San Juan de Pasto, capoluogo del dipartimento di Nariño
• San Juan de Rioseco, comune nel dipartimento di Cundinamarca
• San Juan de Urabá, comune nel dipartimento di Antioquia
• San Juan del Cesar, comune del dipartimento di La Guajira
• San Juan Nepomuceno, comune del dipartimento di Bolívar
• El Litoral del San Juan, comune del dipartimento di Chocó
• Medio San Juan, comune del dipartimento di Chocó
• Valle de San Juan, comune del dipartimento di Tolima

 Costa Rica

• San Juan, distretto capoluogo del cantone di Tibás
• San Juan, distretto del cantone di Abangares
• San Juan, distretto del cantone di La Unión
• San Juan, distretto del cantone di Naranjo
• San Juan, distretto del cantone di Poás
• San Juan, distretto del cantone di San Ramón
• San Juan, distretto del cantone di Santa Bárbara
• San Juan de Dios, distretto del cantone di Desamparados
• San Juan de Mata, distretto del cantone di Turrubares
• San Juan Grande, distretto del cantone di Esparza

 Cuba

• Colle San Juan, teatro di battaglia della guerra ispano-americana

 Repubblica Dominicana

• San Juan (Repubblica Dominicana), provincia
• San Juan de la Maguana, città

 El Salvador

• Nuevo Edén de San Juan, città del dipartimento di San Miguel
• San Juan Nonualco, città del dipartimento di La Paz
• San Juan Talpa, città del dipartimento di La Paz
• San Juan Tepezontes, città del dipartimento di La Paz

 Filippine

• San Juan, città dell'area metropolitana di Manila
• San Juan, municipalità della Provincia di Abra
• San Juan, municipalità della Provincia di Batangas
• San Juan, municipalità della Provincia di Ilocos Sur
• San Juan, municipalità della Provincia di La Union
• San Juan, municipalità della Provincia di Siquijor
• San Juan, municipalità della Provincia di Southern Leyte

 Guatemala

• San Juan Alotenango, comune del dipartimento di Sacatepéquez
• San Juan Atitán, comune del dipartimento di Huehuetenango
• San Juan Bautista, comune del dipartimento di Suchitepéquez
• San Juan Chamelco, comune del dipartimento di Alta Verapaz
• San Juan Comalapa, comune del dipartimento di Chimaltenango
• San Juan Cotzal, comune del dipartimento di Quiché
• San Juan Ermita, comune del dipartimento di Chiquimula
• San Juan Ixcoy, comune del dipartimento di Huehuetenango
• San Juan la Laguna, comune del dipartimento di Sololá
• San Juan Olintepeque, comune del dipartimento di Quetzaltenango
• San Juan Ostuncalco, comune del dipartimento di Quetzaltenango
• San Juan Sacatepéquez, comune del dipartimento di Guatemala
• San Juan Tecuaco, comune del dipartimento di Santa Rosa

 Honduras

• San Juan, comune del dipartimento di Intibucá
• San Juan, comune del dipartimento di La Paz
• San Juan de Flores, comune del dipartimento di Francisco Morazán
• San Juan de Opoa, comune del dipartimento di Copán
• San Juan Guarita, comune del dipartimento di Lempira

 Messico

• San Juan (Campeche), città dello stato messicano di Campeche
• San Juan (Chihuahua), città dello stato messicano di Chihuahua
• San Juan (Coahuila), città dello stato messicano di Coahuila
• San Juan (San Luis Potosí), città dello stato messicano di San Luis Potosí
• San Juan (Sonora), città dello stato messicano di Sonora
• San Juan Bautista Tuxtepec, città dello stato messicano di Oaxaca

 Nicaragua

• San Juan, fiume
• dipartimento di Río San Juan, dipartimento
• San Juan de Limay, comune del dipartimento di Estelí
• San Juan de Nicaragua, comune del dipartimento di Río San Juan
• San Juan de Oriente, comune del dipartimento di Masaya
• San Juan del Río Coco, comune del dipartimento di Madriz
• San Juan del Sur, comune del dipartimento di Rivas

 Panama

• San Juan Bautista de las Misiones, capoluogo del dipartimento di Misiones
• San Juan Bautista de Ñeembucú, distretto del dipartimento di Ñeembucú
• San Juan del Paraná, distretto del dipartimento di Itapúa
• San Juan Nepomuceno, città e distretto del dipartimento di Caazapá

 Perù

• San Juan (Perù), città

 Porto Rico

• San Juan (Porto Rico), capitale del Commonwealth di Porto Rico
• Vecchia San Juan, circoscrizione e quartiere storico di San Juan

 Spagna

• Alberite de San Juan, città dell'Aragona
• Alcázar de San Juan, città della Castiglia-La Mancia
• Almunia de San Juan, città dell'Aragona
• Arenas de San Juan, città della Castiglia-La Mancia
• El Viso de San Juan, città della Castiglia-La Mancia
• Estepa de San Juan, città della Castiglia e León
• Las Cabezas de San Juan, città dell'Andalusia
• Navas de San Juan, città dell'Andalusia
• Paradinas de San Juan, città della Castiglia e León
• San Juan, nome castigliano di Sant Joan, comune delle Baleari
• San Juan de Aznalfarache, città dell'Andalusia
• San Juan de Énova, città della Comunità valenzana
• San Juan de Gredos, città della Castiglia e León
• San Juan de la Encinilla, città della Castiglia e León
• San Juan de la Nava, città della Castiglia e León
• San Juan de la Rambla, città delle Isole Canarie
• San Juan de Plan, città dell'Aragona
• San Juan del Molinillo, città della Castiglia e León
• San Juan del Monte, città della Castiglia e León
• San Juan del Olmo, città della Castiglia e León
• San Juan del Puerto, città dell'Andalusia
• Santiuste de San Juan Bautista, città della Castiglia e León
• Villanueva de San Juan, città dell'Andalusia
• Villarta de San Juan, città della Castiglia-La Mancia

 Stati Uniti d'America

• San Juan (Alaska), città dell'Alaska
• San Juan (Nuovo Messico), città del Nuovo Messico
• San Juan, fiume del Nuovo Messico
• San Juan (Texas), città del Texas
• Isole San Juan, al largo dello stato di Washington
• Monti San Juan, in Colorado

 Trinidad e Tobago

• San Juan (Trinidad e Tobago), città